Майстерня академічного релігієзнавства була створена як молодіжна громадська організація «Молодіжна асоціація релігієзнавців» у квітні 2004 р. Першою Президенткою організації було обрано Ларису Владиченко.

Першим заходом, проведеним МАР, став круглий стіл «Біблія в контексті розвитку світової гуманітарної думки», присвячений 100–річчю перекладу Біблії українською мовою. У 2005 р. МАР було започатковано Релігієзнавчий клуб, із найрізноманітнішою тематикою засідань – від взаємозв’язків релігієзнавства із богослов’ям і сучасного стану атеїзму у світі до законодавчої роботи Верховної Ради України у сфері релігії та обговорення міжнародного конфлікту навколо карикатур на пророка Мухаммада.

З 2005 р. МАР провела низку наукових досліджень про національну та релігійну толерантність студентів Києва та школярів України, світогляд та громадянську позиція студентів протестантських духовних навчальних закладів, а також про громадянську позицію українських мусульман.

2006 р. МАР організовує свою першу релігієзнавчу школу, присвячену релігійній освіті. Релігієзнавчі школи стали візитівкою організації і протягом тривалого часу стабільно проводилися принаймні раз на рік. Усього було проведено понад 15 релігієзнавчих шкіл, які були присвячені юдаїзму та ісламу, католицизму та православ’ю, феноменології, географії та психології релігії, протестантизму та новим релігіям, вайшнавізму та буддизму, західному езотеризму тощо.

З 2009 р. МАР починає активно організовувати семінари та круглі столи у регіонах України (Донецьк, Львів, Чернівці, Острог, Харків), а також стає співорганізатором міжнародних мінських релігієзнавчих конференцій.

У 2009 р. було зареєстровано Молодіжну асоціацію релігієзнавців–Львів, а у 2010 р. – Донецьку обласну молодіжну асоціацію релігієзнавців. У 2010 р. МАР почала видавати журнал «Релігієзнавчі нариси», а у 2012 р. – збірник «De Religione».

Певний час у межах МАР функціонували Центр дослідження юдаїзму, Центр академічного ісламознавства, Центр дослідження філософії релігії і Центр дослідження релігійної освіти, що реалізовували свої успішні проєкти, як-то літні школи з юдаїки (2010 і 2011 рр.), міжнародний семінар з ісламознавства (2011–2013 рр.), семінар-дискусія «Пізнаючи надприроднє: шляхи філософії релігії» (2011 р.) тощо.

МАР започаткувала щорічний Конгрес молодих дослідників релігії «Релігія в сучасній культурі», який проходив у Києві (2014), Чернівцях (2015), Луцьку (2016), Львові (2017), Харкові (2018), знову в Києві (2019) та онлайн (2020).

У 2011–2013 рр. Президенткою МАР була Ірина Фенно, у 2013–2015 рр. – Олег Кисельов, а у 2015–2019 рр. – Руслан Халіков. У 2019 р. організація змінила свою назву на «Майстерня академічного релігієзнавства». У 2020 р. Головою МАР було обрано Карена Нікіфорова, а у 2024 р. – Уляну Севастьянів.